简化基因组甲基化测序(Improved Reduced Representation Bisulfite Sequencing)是通过MspI酶切富集基因组DNA上CCGG位点的片段，经Bisulfite处理和高通量测序，针对全基因组CpG岛区域的DNA甲基化测序。一般情况人基因组5X以上覆盖>250万CG位点，单碱基分辨率，覆盖全基因组12%左右的甲基化位点；但对于启动子区域覆盖达高达80%以上，广泛用临床及哺乳动物启动子范围甲基化研究。

一、金标准的Bisulfite测序，单碱基分辨率

二、CHG、GHH位点、增强子、LncRNA、miRNA等更多的覆盖

三、性价比高，能够覆盖启动区域80%以上的CPG岛，但是价格却不到WGBS的一半

四、CNS级别高分文章认可

1. 临床大样本甲基化Biomarker筛选

2. 疾病及肿瘤甲基化调控机制研究

3. 模式生物发育甲基化谱研究

4. 遗传育种（动物）甲基化研究

研究目的：利用RRBS选择性地检测单细胞全基因组CpG岛(CGI)甲基化

样本信息：K562和GM12878的单细胞以及小群的成纤维细胞和诱导多能干细胞

测序策略：RRBS

结论：在每个细胞中检测到21798个CGI（占所有CGI的76%），从所有16个剖析的单细胞中持续检测到的CGI数量为20864个（72.7%），覆盖12961个启动子。这一覆盖率与使用单细胞缩减代表的亚硫酸氢盐测序获得的结果相比有了很大的改进，单个细胞中一致分析的CGI的比例增加了66倍。同一类型的单细胞之间比其他类型的细胞更相似，但也显示出表观遗传的异质性。

分析流程

样品CpG覆盖度及甲基化分布

对于不同的CG位点，要具有可信度，首先需要评估他们的覆盖度。

CpG 甲基化差异分析 
2 组样品进行比较，R methylKit 软件包计算样品 CpG 甲基化 。

差异甲基化区域（DMR）分析---KEGG信号通路

样本量

采样建议

一、细胞样本

细胞样本在甲基化研究，尤其是临床方向的研究中，是最为主要的样本来源。对于细胞样本来说，重点是注意选择好处理组（treat）与对照组（control）细胞样品，对其分别进行全基因组DNA提取，用于后续RRBS分析研究。

二、组织样本

组织样本在进行甲基化研究时，重点需要参考老师的研究课题。由于表观遗传学具有显著的组织特异性，不同组织细胞间甲基化状态可能会有巨大差异：

①在动物组织样本中，若老师主要研究的是某一器官的甲基化水平，最好针对该器官进行取样，注意选取处理组和对照组样本；

②在临床样本中，对临床组织的甲基化研究必须选择相对应的肿瘤组织与癌旁组织（由于人类健康组织样本很难获得，常选用癌旁组织模拟健康样本），或者是肿瘤组织与正常尸检样本；

不建议采用健康人血液作为肿瘤样本的对照，因为肿瘤具有组织特异性，血液样本无此特征，可能无法筛选到特异性差异甲基化基因，目前也几乎没有相关文献采用该种取样方法进行RRBS研究。

三、血液样本

由于血液样本不具有组织特异性的特点，在针对某种特异疾病或癌症的研究时，相较于组织样本来说，可能筛选到的差异DMR较少，特异性差，研究针对性弱。若老师选择血液样本进行甲基化研究，患者及健康人样本均需要选取血液样本，不建议将其与组织样本进行对照研究。

四、FFPE样本

对于FFPE样本，公司不接蜡块，需要老师提供FFPE切片，切片的面积要求为200mm²，厚度要求5-10μm（最少不少于4μm），建议提供10片以上切片，走低起始量甲基化建库。目前该类型样本项目经验不多，有一定的风险。