首页 > 产品与服务 > 多组学服务

10x Genomics Visum OCT

产品简介

空间转录组是指通过一次实验可得到样本的mRNA表达信息,并且可以比对到相应的H&E染色图像,达到图像化和数字化的高度整合分析。空间转录组学分析可展示组织切片中不同区域的基因表达情况,揭示精细病理区域中激活的信号通路, 完成分子特征驱动病理特征的机制解析。空间转录组被广泛用于肿瘤、发育生物学、神经科学等多领域,为肿瘤异质性、肿瘤微环境、复杂疾病的机制解析提供新的见解。


技术原理

空间转录组的核心在于独特的捕获芯片,正式文库构建的芯片上有4个捕获区域(6.5mm X6.5mm,可以加4个样本),每个捕获区域含有约5000个被条形码标记的点(barcoded spots),每个spot直径55μm,spot与spot中心点之间的距离为100μm,每个spot含有上百万个可以与mRNA结合的捕获探针,每个探针上都带有独特的spatial barcodes,用以标记捕获的mRNA的空间位置。


实验流程

10x visium空间转录组测序目前可以支持OCT样本和FFPE样本,OCT样本质检合格以后,将组织切片贴到10x玻片的捕获区域,然后进行固定,用已经摸索好的透化条件进行透化,释放出细胞中的RNA,释放出的RNA直接与玻片上的RNA捕获探针结合后,进行扩增建库测序,获取组织的基因表达信息。


产品特色

样本收集灵活:可以用OCT包埋样本,可长期储存;

分辨率高:每个捕获区域有5000个mRNA捕获点;

时效性高:实现远程全息数字切片扫描实时交流;

样本兼容范围广:大部分人、大/小鼠组织都可以建库;

专业的组织透化方案:OCT样本通过荧光强度和RNA扩散程度确定最佳组织通透时间;

结果可验证性强:当前常用的实验手段,比如免疫荧光等可轻松验证实验结果。

经典案例



研究目的:运用单细胞RNA测序和空间转录组学探讨肠道形态随时间变化的特征

样本信息:胚胎肠道样本(不同的发育时间点和组织位置)

测序策略:10xGenomics平台,单细胞测序(scRNA-seq)+单细胞空间转录组(ST)

捕获细胞数:17,622个细胞

结论:确定了101个细胞状态,包括上皮和间充质祖细胞群以及与关键形态发生学相关的程序,描述了隐窝-绒毛轴的形成,神经、血管、间充质的形态发生以及发育中的肠道免疫群体。确定了发育为成纤维细胞和成肌纤维细胞亚型的分化层次及其功能,揭示了Peyer斑和肠道相关淋巴组织(GALT)的起源,并描述了特定于位置的免疫程序。


结果展示

质量控制

这里通过Number of Genes,Total Counts,Percentage of Mitochondrial Counts对每个样本的质控指标进行统计,由于空间转录组的特殊性(重点关注切片染色基因的表达分布),不对spot点进行过滤。





Spot分群

Spot分群是依据基因表达量对spot进行分类的过程,spot分群是后续各种研究的基础。






标志基因发现和富集分析

标志基因发现是指通过差异分析计算特定群高表达基因的过程。





富集分析是寻找上述高表达基因富集的通路的过程。



特征评分

特征评分是指基于特定基因集计算该基因集在不同群的表达情况。





送样建议

1. 新鲜组织直接OCT包埋后干冰速冻,注意标明样本的方向,于-80℃保存,干冰寄送;

2. 样本处理和运输过程需要在低温环境,OCT包埋样本干冰运输;

3. 如果样本充足,建议准备≥2份样本,一份用于RNA质控和正式切片实验,一份留作备用。


开yun体育app官方下载承接过的部分空转样本

样本类型 样本类型
胰腺癌样本(正常胰腺不成功,酶多,RNA降解) 皮肤组织(糖尿病慢创建模小鼠/黑色素瘤)
乳腺癌样本 脊髓样本
脑胶质瘤样本 炎症性肠病/克罗恩肠病(肠纤维化)
肝癌样本 血管样本(血管畸形/糖尿病截止病人血管)
肺癌样本 舌下腺
胃癌样本 前列腺增生组织
胆囊癌样本/胆管组织 小鼠胚胎头部/腭部
小鼠正常肝脏(肝再生) 小鼠正常心脏(心脏发育)

点击进行购买咨询

购买咨询

欢迎进行购买咨询

购买咨询