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外泌体LnRNA-seq

产品简介

外泌体(Exosome)是一种具有脂质双层膜结构,包含在由多个核内体与质膜融合形成的多泡小体中的内源形成的囊泡。 由细胞质中产生,经细胞膜释放,大多数直径在30-150nm之间;携带有母细胞的多种蛋白质、脂类、DNA和RNA( lncRNA/circRNA/smallRNA),存在于血液/尿液/乳汁/唾液/精浆等液体中及细胞培养上清液中。

miRNA是一类大小约20-25个碱基的单链小RNA,miRNA通过和靶基因mRNA碱基配对引导沉默复合体(RISC)降解mRNA或抑制mRNA的翻译,从而在转录后水平调控蛋白表达。细胞外游离miRNA通常以蛋白复合物或者外泌体的形式存在于真核生物血液、尿液、唾液、脑脊液等体液中。其中所含miRNA的表达水平与来源细胞有明显不同,并且随生理条件的不同而变化,因而细胞外游离或外泌体miRNA具有作为液体活检分子标志物的潜力。



Size:30-100nm


实验流程

技术特点

1、采用成熟的商业化试剂盒富集不同样本来源的外泌体RNA,外泌体RNA得率高,有利于建库测序

2、利用微量建库的方法,只需要20ng的总RNA即可进行外泌体LncRNA建库测序

3、整体服务,客户只需提供样本(血清/血浆/细胞上清/其它体液等),开yun体育app官方下载可以完成外泌体抽提、鉴定、 测序一整套的服务

应用方向

1、分子标志物:疾病分型分期

2、分子机理研究:发生/发展/转移、肿瘤微环境、靶标调控、炎症反应、修复再生

3、药物载体研发

4、临床:疾病检测、辅助诊断、预后跟进等

经典案例






研究目的:通过外泌体lncRNA测序探索淋巴结转移性膀胱癌(BCa)中外泌体介导的LN转移的机制

样本信息:BCa患者尿液

测序策略:外泌体lncRNA-seq

结论:LncRNA BCYRN1在BCa患者的尿液-EXO中大幅上调,并与BCa的LN转移有关。外泌体BCYRN1在体外明显促进人类淋巴内皮细胞(HLECs)的管形成和迁移,在体内促进BCa的淋巴管生成和LN转移。BCYRN1通过诱导WNT5A启动子中与hnRNPA1相关的H3K4三甲基化而从表观上调控WNT5A的表达,从而激活Wnt/β-catenin信号,促进BCa分泌VEGF-C。外泌体BCYRN1协同增强VEGF-C/VEGFR3信号诱导的BCa淋巴转移。


结果展示

LncRNA表达火山图


差异LncRNA表达热图




cis靶基因GO富集分析

Cis作用靶基因预测认为lncRNA的功能与其坐标临近的蛋白编码基因相关。将显著差异的lncRNA临近位置的(上下游100 kb)蛋白编码基因筛选出来,即lncRNA上下游100 kb以内的编码基因作为其靶基因。后续再通过靶基因GO功能富集分析预测lncRNA的主要功能。


cis靶基因KEGG富集分析

Cis作用靶基因预测认为lncRNA的功能与其坐标临近的蛋白编码基因相关。将显著差异的lncRNA临近位置的(上下游100 kb)蛋白编码基因筛选出来,即lncRNA上下游100 kb以内的编码基因作为其靶基因。后续再通过靶基因KEGG功能富集分析预测lncRNA的主要功能。



送样建议

送样量


外泌体LncRNA-seq转录组测序

总RNA

总量≥20ng(一次建库),浓度≥50ng/μl(Qubit的检测浓度,不是NanoDrop的检测浓度),2100检测80-180nt范围内有峰,大于1000nt无峰,吸光度在10-50之间

细胞上清

≥50ml(测序);≥100ml(鉴定)

测序+鉴定,≥150ml;培养基不能含有血清,或者用去外泌体的血清培养

血清血浆

≥5ml(测序);≥5ml(鉴定)

测序+鉴定,10ml

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