circRNA是一类特殊的RNA，广泛存在与动物和植物中的。特殊的环状结构，缺少5’和3’结构，使其能够逃逸RNA酶的降解，很好的体内稳定性；circRNA大部分是非编码RNA，具有时空表达特异性，进化保守

circRNA主要分为几大类：

一、Exonic circRNA，该类circRNA主要来源于外显子，定位于胞浆中

二、Intronic circRNA，该类circRNA来源于内含子，主要定位于细胞核

三、Exon-intron circRNA，该类circRNA主要来源于外显子+内含子，定位于细胞核

circRNA的主要作用机制有：

（1）miRNA分子海绵，circRNA含有大量的miRNA结合位点，具有miRNA海绵作用，进而间接调控miRNA下游靶基因的表达

（2）调控基因转录，circRNA也可以通过与RNA结合蛋白的结合来调控蛋白功能，比如通过与转录因子的结合来抑制基因的转录

（3）编码功能，circRNA虽然属于非编码RNA，但是也有少数circRNA可以编码多肽，通过该多肽行使调控功能。

测序平台：Illumina nova6000

测序策略：PE50（双端测序，每端150bp）

数据量：8G人大小鼠（具体根据物种基因组大小判断）

一、定量准确检出率高：circRNA-seq基于高通量测序，依据主流数据库和circRNA鉴定软件，分析物种的circRNA信息，深入挖掘circRNA在转录调控中所发挥的重要功能

二、应用广泛：circRNA测序适合生命体生长发育等各个阶段、部位或方面的研究

三、周期短性价比高：开yun体育app官方下载能实现快速、稳定的测序数据分析及交付

四、质控严格，数据质量稳定：开yun体育app官方下载circRNA-seq采用去核糖体及线性RNA方式进行建库，能够有效捕获样品中circRNA，满足同时circRNA差异表达水平的分析以及miRNA结合位点分析

研究目的：通过circRNAseq探索circRNA与心肌梗死后心力衰竭(HF)之间的关系

样本信息：左冠状动脉前降支（LAD）结扎大鼠HF模型后不同时期心脏组织

测序策略：mRNA-seq+circRNAseq

结论：在心肌细胞（CMs）中发现了一种来自SNRK（蔗糖非发酵1-相关激酶，可提高心脏线粒体效率）的circRNA（circ-SNRK）。Circ-SNRK可以海绵化miR-33，而通过SNRK可改善ATP的合成，证明了circ-SNRK-miR-33-SNRK轴的存在。SNRK对circ-SNRK的负反馈将SNRK限制在一个适当的水平，并抑制了circ-SNRK在缺血心脏中的保护作用。circ-SNRK与SNRK的负循环调节了中枢神经系统的能量代谢，可成为心力衰竭的潜在治疗目标。

差异circRNA火山图

用火山图可以推断差异circRNA的整体分布情况，从差异倍数(Fold change)和校正后的显著水平（padj/qvalue）两个水平进行评估，对差异circRNA进行筛选。

差异circRNA聚类分析

差异circRNA聚类分析用于判断不同实验条件下差异circRNA表达量的聚类模式。 每个比较组合都会得到一个差异circRNA集，将所有比较组合的差异circRNA集的并集在每个实验组/样品中的的TPM值，用于层次聚类分析，K-means聚类分析和SOM聚类分析。

GO富集分析

GO(Gene Ontology)是描述基因功能的综合性数据库，可分为生物过程（biological process）和细胞组成（cellular component）分子功能（Molecular Function）三个部分。从GO富集分析结果中，选取最显著的30个Term绘制散点图进行展示，若不足30个，则绘制所有Term。图中横坐标为注释到GO Term上的差异来源基因数与差异来源基因总数的比值，纵坐标为GO Term，点的大小代表注释到GO Term上的基因数，颜色从红到紫代表富集的显著性大小。

KEGG富集分析

在生物体内，不同基因相互协调行使其生物学功能，通过Pathway显著性富集能确定来源基因参与的最主要生化代谢途径和信号转导途径。KEGG（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes）是有关Pathway的主要公共数据库。Pathway显著性富集分析以KEGG Pathway为单位，应用超几何检验，找出与整个基因组背景相比，在来源基因中显著性富集的Pathway。同样的，KEGG通路富集以padj小于0.05为显著富集。

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