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5D labelfree蛋白组学

产品介绍

5D label free蛋白质组学是在传统4D label free蛋白质组学技术的基础上,引入了新的鉴定维度,助力蛋白质组学开启“5D”模式。基于PaSERTM的5D蛋白质组学在保持更严格的假阳性率(FDR)的情况下,能够大幅提高肽段和蛋白质鉴定数目,刷新了业内蛋白质组服务新标准、新高度。


应用方向

适用于小规模样本的机制研究、珍稀样本的超微量分析

项目流程

5D项目流程包括样本准备、实验室样本制备、上机检测、数据预处理、生信挖掘等5大环节。


技术特点

1. PaSERTM大有来头:前沿领先的机器学习搜库算法,集合了蛋白质组学领域权威专家最前沿的科研成果。

PaSERTM搜索引擎整合了蛋白质组学领域权威专家美国Scripps研究所的John Yates III教授(2019年ASMS质谱杰出贡献奖获得者)和德国柏林Charité医学院的Markus Ralser教授的最新科研成果,相关搜库算法曾经发表在Nature Methods和Journal of Proteomics等权威期刊上,可谓当今最前沿领先的搜库算法。

PaSERTM系统是一个并行数据库搜索引擎,可以“实时”搜索(Run and Done),智能化决定样本列队分析进程,每个样本采集结束时,通过将实验结果与预设的蛋白质或肽段鉴定数量标准比对,来决定样品队列继续与否,该功能可核验方法的适用性、节省稀有样本、昂贵耗材和机时。


2. 更高的鉴定深度:PaSERTM整合了TIMScore™算法,支持dda-PASEF数据分析,为第一个支持CCS数据库的搜索算法,并增加了蛋白质和肽段的鉴定量,并同时保持了FDR控制。比4D蛋白鉴定数提升30~180%不等,平均提升70%




3. 更适合微量样本:比常规TMT技术要求的送样量少50%~80%,能够满足临床珍贵、微量样本的蛋白组分析需求。

样本类型

送样量

5D label free

TMT

细胞

1.25E+6个

5E+6个

组织

7.5 mg

30 mg

血清/血浆

25 ul

100 ul

开yun体育app官方下载优势

1.     丰富的样本处理经验,支持各类科研需求;

2.     严格的质量标准,优秀的技术检测能力,达到国际顶尖实验室水平;

3.     追求极致的报告体验,提供三套差异筛选标准结果,报告解读、数据挖掘视频及中英文方法说明等应有尽有,详情点结果示例;

4.     专业的售前售后服务,及时响应客户消息,100%解决问题。

结果展示

开yun体育app官方下载一直致力于提供专业的蛋白质组学服务,基于蛋白质组学数据挖掘需求以及对高水平文章的生信分析内容的分析,开yun体育app官方下载蛋白质组学报告提供20多项标准分析,远超行业常规交付标准,助力广大科研用户数据挖掘轻松又高效!



详情可点击往期报道:

蛋白质组学新势力| 开yun体育app官方下载2022版蛋白质组学分析报告重磅发布,打造行业高标准生信分析!

2023新品系列!开yun体育app官方下载蛋白质组学报告再更新,6大亮点助力临床科研更省心、更省力、更高效


1.  多种样本平行性及质量评价维度:从源头上把控数据质量,以提高分析结论的可靠性、可重复性



2. 三套差异筛选标准:让每套数据找到最适合的标准

group

P≤0.05 & FC上下调倍数

上调蛋白质个数(UP)

下调蛋白质个数(DOWN)

总差异蛋白质个数(ALL)

A VS B

1.2

224

184

408

A VS B

1.5

77

63

140

A VS B

2

22

14

36


三套差异筛选结果一览表(示例)


3.  提供关键蛋白质候选列表:让临床科研更轻松、高效。

Pretein ID

GeneName FC p-value

Regulation

蛋白质的Uniprot ID号

基因名称 差异表达变化倍数 t-test量著性p值 上调或下调
GO-BP Go-CC GO-MF KEGG GSEA-GO
归属到的显著性富集GO-BP条目(名称&数量) 归属到的显著性富集GO-CC条目(名称&数量) 归属到的显著性富集GO-MF条目(名称&数量) 归属到的显著性富集KEGG条目(名称&数量) 归属到的显著性富集GSEA-GO条目(名称&数量)
GSEA-KEGG PPI degree Transcription factor Kinase Cancer pathway related
归属到的显著性富集GSEA-KEGG条目(名称&数量) 在PPI分析中与其他蛋白连接的节点数 是否属于转录因子 是否属于激酶 是否属于肿瘤通路相关蛋白
Pubmed文献数 PRM预实验评估结果
在Pubmed中检索到的文献数 是否通过PRM预实验评估

关键蛋白质候选列表(表头示例)


4.  多种GO/KEGG富集分析方法:多角度分析,让“烂”的数据也能挖出结果

(1)基于差异蛋白质的传统富集分析方法(Fisher’s Exact Test)





(2)不依赖于差异蛋白质的GO/KEGG富集分析(GSEA分析)





5.  交互式蛋白质互作PPI:支持个性化排版,悬浮显示蛋白质的多项特征信息




6.  蛋白质动态分布范围图:展示蛋白含量高低,高低丰度一清二楚





7.  多组比较提供韦恩分析:展示多比较组的共有和特有差异蛋白质


送样建议

1. 样本寄送流程



注意:所有样本均应标明准确的样本编号,同时配有一张样本登记表,写明样本名称、物种、编号、取样日期、样本处理情况等。


2. 样本寄送地址

上海市浦东新区张江高科爱迪生路332号仓库。


3. 取样原则

(1)代表性原则

取样的代表性关系到实验结果是否具有科学意义,因此您应该根据实验目的慎重选择您的取样方案。

病变组织样本中应不夹带正常组织,正常组织样本中不能含有病变组织。有条件时,应做到实验组与对照组的样本在取材时间、部位、处理条件等方面尽可能保持一致,否则可能会影响实验结果的可信度。

(2)准确性原则

代表性样本的各种特征数据必须被准确记录,并按要求(低温、迅速)采集、制备、贮存、运输,最终正确地按实验设计进行实验和数据处理。

(3)迅速性原则

样本质量是蛋白质组学实验中影响实验结果的最关键因素,因此用于蛋白质组研究的样本,在采集、制备、贮存、运输过程中应尽可能地做到迅速,最大限度的缩短从样本采集到实验的时间。

(4)低温原则

所取样本离体后,应尽快置于液氮(首选)、干冰或-80℃冰箱中,并保证在实验前始终处于-70℃以下,以避免经修饰的蛋白以及低丰度表达的蛋白的降解。

(5)分装原则

为避免样本冻融,建议收集样本的时候对样本进行分装备份,从而保证数据质量的可靠性,检测结果的准确性。


4. 取样要求

(1)样本量要求

样本大类

样本类型

5D label free送样量

细胞类

悬浮/贴壁细胞

≥1×10^6

动物

组织

心,肝,脾,肾,肺叶,血管等

≥7mg

皮肤,软骨,毛发等坚硬组织

≥50mg

体液类

血清、血浆(去高丰度蛋白,抗体亲和柱法)

≥50μl

血清、血浆(富集低丰度蛋白,纳米颗粒材料法)

≥200μl

血清、血浆(不去高丰度)

≥20μl

动物或人乳汁

≥500μl

脑脊液(去高丰度蛋白)

≥4ml

脑脊液(不去高丰度)

≥0.5ml

关节液、淋巴液、附睾腔液

≥0.5ml

唾液

≥25μl

泪液

≥100μl

尿液

≥4ml

其余特殊类型样本

细胞上清

≥2.5ml

石蜡样本(FFPE)

15片(切片厚度5-10μm)


(2)本地样本预处理与保存建议

样本大类

样品类型

预处理及保存

细胞类

悬浮细胞

1. 400g-1000g离心10分钟收获细胞,弃上清;

2. 用预冷的PBS小心洗涤片状沉淀物2次,置于冰上,去上清;

3. 液氮速冻,-80℃保存。

建议您以细胞沉淀的形式送样。如样本已经裂解,裂解液可能与我们的实验操作系统存在不兼容问题,我们需要进一步进行蛋白沉淀,这个过程可能会有一点蛋白的损失。

注意:PBS清洗时需要小心,避免细胞的损失!

贴壁细胞

1. 弃掉培养液,并将培养皿倒置于吸水纸上吸干培养液;

2. 加入4℃预冷的PBS,平放轻轻摇动1 分钟洗涤细胞,然后弃去PBS。 重复以上操作两次以洗去培养液;

3. 将培养皿置于冰上。向培养皿内加入4℃预冷的PBS。用干净的细胞刮棒将细胞刮于培养皿的一侧(动作要快),冰上斜置培养皿,使得缓冲液流向一侧。移液管吸取溶解产物至预冷的离心管内。离心去上清;

4. 液氮速冻,-80℃保存。

建议您以细胞沉淀的形式送样。如样本已经裂解,裂解液可能与我们的实验操作系统存在不兼容问题,我们需要进一步进行蛋白沉淀,这个过程可能会有一点蛋白的损失。

注意:PBS清洗时需要小心,避免细胞的损失!

动物组织

样本

心,肝,脾,肾,肺叶,血管,皮肤等

1.首先准备好用于包装样本冷冻保存管,并且用油性记号笔在冻存管外表多处写明样本编号;

2.准确切除所需组织后,立即剔除非研究所需的组织,并将组织分割成小块;

3.用镊子夹住样本,放入液氮中冷却样本;

4.放入准备好的冷冻保存管中,迅速投入液氮冷却,然后转入-80℃冰箱中保存;

5.填写样本登记单,写明临床病因及所处阶段,样本名称、组织类型、编号、取样日期、样本处理过程等情况。

软骨等坚硬组织

PBS 洗涤,用手术刀将软骨切成0.5cm3 左右的小块。液氮速冻,保存在-80℃。

毛发等坚韧组织

用适量2%SDS,50mM 磷酸钠(pH7.8)缓冲液漂洗样品,去除污染物,干燥,保存在-80℃。

体液类

血清

收集好的全血室温静置两小时,3000g 离心10min,取上清,液氮速冻,-80℃保存。

血浆

收集好的全血加入抗凝剂(可选择肝素或EDTA),室温静止30 分钟,1300g-2000g 离心10min,取上清,液氮速冻,-80℃保存。

动物或人乳汁

收集乳汁,-80℃保存。若要去除样品中的高丰度酪蛋白,需要超速离心除去。

脑脊液、关节液、淋巴液、附睾腔液

1000g-2000g 离心5min,(或使用0.22μm 滤膜过滤),取上清,-80℃保存。

唾液

禁食两小时以上,9-12am 取样,1000g-2000g 离心5min,(或使用0.22um 滤膜过滤),取上清,-80℃保存。

泪液

收集样品(可利用capillary micropipette 或Schirmer strip),8000-14000g  4度 离心5min,取上清, -80℃保存。

尿液

5000g 4°C 离心30-60min,取上清, -80℃保存。

其余特殊类型样本

细胞上清

10000g-20000g 离心30-60min,(或使用0.22um 滤膜过滤),取上清,-80℃保存,注意,应为无血清培养基。

石蜡样本(FFPE)

以石蜡块形式保存的样本进行常规切片操作(切片厚度5-10μm),不用固定在玻片上,检查样本无污染后,妥善包装,常温寄送。


5. 样本包装注意事项

(1)在包裹样本的铝箔或冷冻保存管表面,用油性记号笔标明样本编号及样本类型。并且请勿与乙醇等有机溶剂接触。

(2)请勿用纱布、纸张直接包裹样本,而是用铝箔或冷冻保存管包裹后再装入样本袋中。

(3)请勿用玻璃容器在液氮中保存样本;样本包装中请勿使用透明胶带。

(4)请勿把标签纸或其他纸制的说明性文件放入样本袋内,因为纸张在液氮中是易碎的。

(5)标签纸应该贴于样本袋绳上,请勿贴于容器表面以免脱落造成样本混乱。

(6)请勿在一只样本袋中放过多的样本,以防无法放入液氮罐或无法从液氮罐中取出。样本袋在使用前先在液氮中预冷。

(7)在填写《样本登记单》时应当详细描述(临床样本则最好也注明临床病因及所处阶段)样本的类型、处理方法、储存条件以及储存时间等相关细节,以便技术人员确定合理的实验方案。


6. 样本储存注意事项

(1)细胞样本收集好后,立即放入-80℃保存。

(2)组织样本采集后,样本迅速放入进口高质量冻存管中,拧紧后立即放入液氮。然后再转移到-80℃中保存。

(3)组织样本储存于液氮或-80℃冰箱中。对于液氮保存样本,务必注意,不要用Eppendorf管和国产冻存管,因为这些管子从液氮中取出时极易发生管子爆裂而造成样本损失。


7. 样本运输注意事项

(1)飞机运输干冰上限约为2公斤,超过2公斤原则上不能运输。火车运输不受限制。

(2)干冰运输应采用壁厚且质量完好的泡沫箱,材料用编号后的冻存管存放,用塑料袋包装后埋入干冰中,泡沫箱应扣严并用封箱带封严。外套纸壳箱包装,以免碰裂。并标明轻取轻放提示,以保证安全运输。

(3)运输时可在干冰上再放一排液体冰袋。

(4)如委托快递运输,运输过程中应随时跟踪货物的情况,记录货单号,并保持与发出地和接收地的快递公司的联系。

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