多组学服务介绍

基于蛋白质组学和高通量测序两大平台,开yun体育app官方下载可为研究型医生提供专业的4D、DIA、TMT、PRM、磷酸化修饰组、olink蛋白质组等检测服务;强大的机器学习算法、IPA分析、蛋白基因组分析服务;系统的生物标志物、分子分型、药物靶点等解决方案;单细胞RNA-seq、单细胞核测序、单细胞混样RNA-seq、单细胞TCR/BCR、空间转录组测序等服务;常规测序服务提供meRIP-seq(m6A/m1A/m7G/m5C 等RNA甲基化修饰测序)、acRIP-seq(ac4C RNA乙酰化修饰测序)、等服务,助力研究型医生加快科研成果转化。

单细胞测序

10x Genomics单细胞转录组测序

单细胞转录组测序( Single -cell RNA -sequencing)是指在单细胞水平上对 RNA 进行高通量测序和分析的新技术。 不同于常规组织或细胞群测序得到的结果(只是大量细胞平均表达水平),单测序能够深入挖掘特异性的信息。 目前 ,单细胞测序已广泛应用于肿瘤异质性、免疫微环境神经科异质性、免疫微环境神经科 、胚胎发育细胞分化等领域的研究。

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10x Genomics单细胞免疫组库测序

免疫组库(immune repertoire,IR)是指在任何指定时间,某个个体的循环系统中所有功能多样性B细胞和T细胞的总和。TCR/BCR是T/B淋巴细胞表面的特征性标志物,作用是识别抗原,基本单位都是由C/V/D/J四个基因簇编码;细胞发育过程中存在复杂的V(D)J重排机制,导致TCR/BCR基因序列多样性极其丰富,这些序列多样性的集合称为免疫组库

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10x Genomics单细胞核测序

单细胞核转录组测序(Single Nuclei RNA Sequencing,snRNA-seq):通过提取样本单细胞核,然后分离、标记细胞核,在单细胞水平研究核基因表达检测的技术。为脑组织、心脏、肾脏等复杂组织或一些珍稀冻存样品提供了单细胞水平研究应用平台,可挖掘更多潜在的致病细胞类型,更易于探讨肿瘤细胞异质性和致病机理

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10x Genomics单细胞ATAC测序

在真核生物中,核DNA并不是裸露的,而是与组蛋白结合后压缩形成紧密的染色体高级结构。DNA在复制转录时,需要将DNA的紧密结构打开,这部分打开的染色质,就是开放染色质;开放染色质允许其他调控因子与之结合,这一特性被称为染色质的可及性,染色质的可及性被认为与转录调控密切相关

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10x Genomics单细胞转录组+ATAC测序

单细胞(RNA+ATAC)测序,可实现同一个细胞核基因表达(mRNA)和染色质开放区域(ATAC)的同时检测,表观遗传学和基因表达谱相结合,单细胞水平同时获取2种分子信息可以更深入地表征复杂的细胞群,捕获细胞异质性,发现驱动细胞分化、发育以及疾病发生的基因调控相互作用,是单细胞多组学研究的有力工具

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BD Rhapsody单细胞转录组测序

单细胞转录组测序( Single -cell RNA -sequencing)是指在单细胞水平上对 RNA 进行高通量测序和分析的新技术。 不同于常规组织或细胞群测序得到的结果(只是大量细胞平均表达水平),单测序能够深入挖掘特异性的信息。 目前 ,单细胞测序已广泛应用于肿瘤异质性、免疫微环境神经科异质性、免疫微环境神经科 、胚胎发育细胞分化等领域的研究。

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BD Rhapsody单细胞免疫组测序

免疫组库(immune repertoire,IR)是指在任何指定时间,某个个体的循环系统中所有功能多样性B细胞和T细胞的总和。TCR/BCR是T/B淋巴细胞表面的特征性标志物,作用是识别抗原,基本单位都是由C/V/D/J四个基因簇编码;细胞发育过程中存在复杂的V(D)J重排机制,导致TCR/BCR基因序列多样性极其丰富,这些序列多样性的集合称为免疫组库

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BD Rhapsody单细胞转录组混样测序

单细胞Mix测序产品是基于10x Genomics和BD Rhapsody平台,利用寡核苷酸偶联的抗体或脂质体结合的特征寡聚体条形码孵育不同的样本,为不同的样本标记上不同的标签,然后将多个样本混合在一起,按照单一样本文库制备的流程,进行一次建库操作,然后上机测序,实现多样本混样单细胞测序

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DNBeLab C4单细胞转录组测序

单细胞转录组测序( Single -cell RNA -sequencing)是指在单细胞水平上对 RNA 进行高通量测序和分析的新技术。 不同于常规组织或细胞群测序得到的结果(只是大量细胞平均表达水平),单测序能够深入挖掘特异性的信息。 目前 ,单细胞测序已广泛应用于肿瘤异质性、免疫微环境神经科异质性、免疫微环境神经科 、胚胎发育细胞分化等领域的研究。

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蛋白组学
定性蛋白组学
定量蛋白组学
靶向蛋白质组
修饰蛋白质组学

TMT蛋白组学

TMT蛋白质组学采用Thermo Scientific(赛默飞)公司的TMT (Tandem Mass Tag)标记定量技术,通过对不同样本标记上不同的TMT标签,最终通过标签的不同实现对混合样本的区分以及定量。

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5D labelfree蛋白组学

5D label free蛋白质组学是在传统4D label free蛋白质组学技术的基础上,引入了新的鉴定维度,助力蛋白质组学开启“5D”模式。基于PaSERTM的5D蛋白质组学在保持更严格的假阳性率(FDR)的情况下,能够大幅提高肽段和蛋白质鉴定数目,刷新了业内蛋白质组服务新标准、新高度。

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4D labelfree蛋白组学

4D蛋白质组学在传统3D保留时间(retention time)、质荷比(m/z)、离子强度(intensity)这三个维度分离基础之上增加了第四维离子淌度(mobility)的分离,重新定义了蛋白质组学的分析标准。

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4D-DIA蛋白组学

蛋白质组学技术可分为数据依赖型(Data-dependent acquisition,DDA)策略和数据非依赖采集(Data-independent Acquisition,DIA)策略。相较于DDA在一级质谱中在每个时间窗口采集强较高的有限肽段离子进入二级质谱进行碎裂分析;DIA数据采集策略则是将质谱整个全扫描范围分为若干个窗口,并循环地对每个窗口中的所有离子进行选择、碎裂、检测,可以无遗漏地获得样本中所有离子的全部碎片信息,但其数据采集策略会使得谱图高度复杂,给数据解析带来极大的挑战。

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TMT 磷酸化蛋白质组学

蛋白翻译后修饰(Post-Translational Modification,PTM)赋予了单个蛋白质功能多样性的特性。在众多翻译后修饰中,磷酸化(Phosphorylation)修饰是最常见、最重要也是最被广泛研究的蛋白质修饰。蛋白质的磷酸化由蛋白激酶(Protein Kinase)催化,将ATP或GTP γ位的磷酸基转移到底物蛋白质的特定氨基酸位点上(主要是丝氨酸Ser、苏氨酸Thr和酪氨酸Tyr)。

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4D label free/4D-DIA磷酸化蛋白组学

蛋白翻译后修饰(Post-Translational Modification,PTM)赋予了单个蛋白质功能多样性的特性。在众多翻译后修饰中,磷酸化(Phosphorylation)修饰是最常见、最重要也是最被广泛研究的蛋白质修饰。蛋白质的磷酸化由蛋白激酶(Protein Kinase)催化,将ATP或GTP γ位的磷酸基转移到底物蛋白质的特定氨基酸位点上(主要是丝氨酸Ser、苏氨酸Thr和酪氨酸Tyr)。

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5D label free磷酸化蛋白组学

蛋白翻译后修饰(Post-Translational Modification,PTM)赋予了单个蛋白质功能多样性的特性。在众多翻译后修饰中,磷酸化(Phosphorylation)修饰是最常见、最重要也是最被广泛研究的蛋白质修饰。蛋白质的磷酸化由蛋白激酶(Protein Kinase)催化,将ATP或GTP γ位的磷酸基转移到底物蛋白质的特定氨基酸位点上(主要是丝氨酸Ser、苏氨酸Thr和酪氨酸Tyr)。

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基因组学

WES

WES (whole exome sequencing, 全外显子组测序): 是指利用序列捕获技术将【全基因组的外显子区域DNA】捕获富集后进行高通量测序,能够直接发现与蛋白质功能变异相关的遗传变异SNP(单核苷酸多态性)。以人类基因组为例,虽然外显子(蛋白质编码区)只占基因组的1%,但人类基因组85%的致病突变都在外显子区域,因此具有重要意义。WES仅是对外显子区域的测序。相比全基因组测序,外显子测序更为简便,测序成本相比也会更低,测序后数据的分析也更为简单

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WGS

生物的主要遗传物质是DNA,细胞或生物体中一套完整的遗传物质的总和称为基因组。DNA是由外显子(Exon)和内含子(Intron)组成。外显子只占基因组的1%左右,指导体内所有蛋白的合成。内含子不编码蛋白质的合成,但绝不是无用的序列,其可以影响基因的活性和蛋白的表达。

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16s/18s/ITs

扩增子测序(16s/18s/ITS)是对特定长度的PCR产物或捕获的片段进行测序,分析序列中的变异。可研究样本中属水平以上 的微生物群落组成及其丰度差异

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二代宏基因组测序

加州大学伯克利分校的Kevin Chen和Lior Pachter 2005年将宏基因组定义为“应用现代基因组学的技术直接研究自 然状态下的微生物的有机群落,而不需要在实验室中分离单一的菌株”的科学。不仅能够分析群落的物种结构和系 统进化,并且能够深入分析群落内的基因功能以及代谢网络

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表观组学

m6A-seq RNA甲基化测序

m6A是一种常见的RNA甲基化修饰方式,研究表明它在调控基因表达、剪接、RNA 编辑、RNA 稳定性、控制mRNA 寿命和降解、介导环状RNA翻译等方面扮演重要角色。开yun体育app官方下载的微量meRIP-seq技术,通过特殊的技术优化,大大降低 meRIP-seq对样本量的要求,和常规的meRIP-seq需要上百μg的总RNA量相比,微量meRIP-seq仅仅1μg-20 μg 总RNA量即可满足实验要求。利用最新的去rRNA技术,可以同时检测mRNA、 lncRNA 及circRNA的甲基化修饰谱,帮助研究人员对RNA转录后甲基化修饰图谱进行全面研究。

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m5C-seq RNA甲基化测序

5-甲基胞嘧啶(m5C),在RNA中广泛分布,早在上世纪70年代就已发现存在 于mRNA上,但由于技术的局限性,一直没有得到充分研究。m5C RNA修饰的检测,采用基于抗体富集的甲基化RNA免疫沉淀测序方法(MeRIP-seq),该技术利用m5C特异性抗体富集发生m5C修饰的RNA片段(包括mRNA、lncRNA等rRNA去除所有RNA),结合高通量测序,对RNA上的m5C修饰进行定位与定量,可以在全基因组范围内精确检测RNA的m5C甲基化修饰,全面解析m5C在转录组的分布及变化,帮助科研人员深入理解RNA甲基化在生命和疾病中的作用,促进疾病的精准诊断与治疗研究

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m7G-seq RNA 甲基化测序

N7 -甲基鸟苷 (m7G)是一种最常见的RNA表观修饰,常位于真核生物mRNA的5’帽和内部位置,或所有物种的rRNA和tRNA内部。 mRNA的5'帽子结构中的甲基化修饰 是真核生物mRNA中最常见的修饰方式。m7G 帽子结构能结合翻译起始因子EIF4F,促进 mRNA 翻译, 而且还能防止mRNA 被细胞内的核酸外切酶降解。m7G修饰通过影响各种RNA分子的代谢,包括mRNA、tRNA、microRNA和核糖体RNA。 越来越多的证据表明,m7G在人类疾病的发展中发挥着关键作用。METTL1-WDR4复合体可将m7G加到tRNA和一部分mRNA内部。目前已有基于抗体和化学方法的m7G检测技术(m7G-MeRIP-Seq和m7G miCLIPSeq)。得益于这些技术,mRNA内部的m7G被认为与翻译相关。

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m1A-seq RNA甲基化测序

m1A 修饰发生在腺嘌呤碱基基团的第一位N原子上,并且在生理条件下带有一个正电荷。m1A 最早在 rRNA 和 tRNA 等非编码 RNA中发现,并 且在原核及各种真核生物的 mRNA 中均广泛存在。利用转录组 m1A 测序技术发现 人及小鼠细胞转录组中的 m1A 在第一个外显子上集中分布,具有 m1A修饰的转录 本的 5'UTR 倾向于形成二级结构。此外,m1A 修饰与翻译起始位点相关,并且含 有 m1A 的转录本具有更高的翻译效率

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WGBS(全基因组甲基化测序)

全基因组甲基化测序(Whole Genome Bisulfite Sequencing, WGBS)是结合重亚硫酸盐Bisulfite处理和高通量测序,对有参考基因组进行全基因组的单碱基分辨率的甲基化检测“金标准”方案,广泛用于人、哺乳动物及农林牧渔方向的高水平甲基化研究。WGBS满足全基因组DNA甲基化图谱及疾病关联分析、基因调控分析、疾病的甲基化标志物筛选等探索性课题的研究;全基因组DNA甲基化测序(WGBS)CPG覆盖率能达到90%。

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RRBS(简化基因组甲基化测序)

简化基因组甲基化测序(Improved Reduced Representation Bisulfite Sequencing)是通过 MspI 酶切富集基因组 DNA 上 CCGG 位点的片段,经 Bisulfite 处理和高通量测序,针对全基因组CpG岛区域的DNA甲基化测序。一般情况人基因组5X以上覆盖>250万CG位点,单碱基分辨率,覆盖全基因组12%左右的甲基化位点;但对于启动子区域覆盖达高达80%以上,广泛用临床及哺乳动物启动子范围甲基化研究

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BSAS(重亚硫酸盐扩增子测序法)

根据特异基因区域或 CpG 岛的序列设计实验,Bisulfite PCR 扩增之后结合第二代高通量测序,能避免载体克隆测序的大量工作量和高昂成本,大大提高DNA甲基化分辨率的同时完成多个样本多个候选区域的 DNA 甲基化分析

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ATAC-seq

真核细胞染色质往往被紧密地包装成一系列核小体组蛋白八聚体,其核心被 147 bp 的DNA 缠绕, 然后被包含特定限制性核酸内切酶识别位点的 DNA 序列分隔开。大多数基因组中的染色质都紧紧盘 绕在细胞核内,但也有一些区域经染色质重塑后呈现出松散的状态,这部分无核小体的裸露 DNA 区域被称为开放染色质或染色质可接近区域

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转录组学

RNA-seq

转录组:广义上指细胞内所有转录产物的集合,即所有RNA的集合,包括mRNA和非编码RNA。狭义上指所有mRNA的集合。

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miRNA-seq

miRNA是一类长度在20-25nt的小RNA,它具有5磷酸基团和3羟基,序列高度保守,不易降解,稳定性高

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UMI mRNA-seq

传统 RNA-seq 定量分析过程中,由于建库过程中PCR 对片段长度和 GC 碱基含量的偏好 会导致部分文库片段丰度失真,进而对定量结果产生影响

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UMI miRNA-seq

传统 miRNA-seq 定量分析过程中,由于建库过程中PCR 对片段长度和 GC 碱基含量的偏好 会导致部分文库片段丰度失真

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LncRNA-seq

lncRNA:是(long non-coding RNAs)是一类长度大于200nt但不编码蛋白质的RNAs,广泛存在于动植物中

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circRNA-seq

circRNA是一类特殊的RNA,广泛存在与动物和植物中的。特殊的环状结构,缺少5’和3’结构,使其能够逃逸RNA酶的降解

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全转录组

全转录组:对组织或细胞在某一时刻或处理条件下转录出来的所有RNA进行测序分析,主要包含mRNA,miRNA,LncRNA,circRNA等

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外泌体miRNA-seq

外泌体(Exosome)是一种具有脂质双层膜结构,包含 在由多个核内体与质膜融合形成的多泡小体中的内源形成的囊泡。

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外泌体LnRNA-seq

外泌体(Exosome)是一种具有脂质双层膜结构,包含 在由多个核内体与质膜融合形成的多泡小体中的内源形成的囊泡

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转录组机制套餐(RNA-seq+IPA)

RNA-seq机制研究套餐采用了更高级的生信分析数据库Ingenuity Pathway Analysis(IPA)来对RNA-seq测序数据进行分析

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Ribo-seq(翻译组测序)

翻译组测序是指对与核糖体结合的正在翻译的RNA片段进行测序,来准确获取样本中所有可翻译分子

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